Pesantren Modern Khalifah berdiri pada tahun 2012 berada dibawah naungan yayasan wakaf khalifah. Pada tahun ini PM. Khalifah memiliki Lembaga formal dibawah naungan KEMENAG dan kemendiknas yaitu SMP Khalifah Boarding  School dan SMA Khalifah Boarding School. PM. Khalifah didirikan pada tahun 2012, dengan idealisme dari para pendiri dan para wakif yang memiliki perhatian khusus pada dunia pendidikan. Berawal dari kekhawatiran pada perkembangan generasi muda ditengah era globalisasi dan liberalisasi ini, maka para pengusaha muda berhimpun dan bertekad menyatukan visi kami dalam rangka membangun sebuah lembaga pendidikan Islam yang menitikberatkan pada pembentukan karakter yang Islami.
Sistem pembinaan 24 jam dengan konsep sekolah berasrama dinilai efektif untuk menerapkan ilmu yang diserap dikehidupan sehari-hari. Adapun kurikulum yang diterapkan merupakan kurikulum nasional yang disandingkan dengan kurikulum jaringan IslamTerpadu. Para murid juga mampu mengembangkan bakat dan minatnya karena tersedianya fasilitas ekstrakurikuler yang menunjang.

Tujuan dari pendidikan Islam adalah mengeluarkan manusia dari kungkungan penghambaan kepada makhluk menuju penghambaan hanya kepada Allah semata. Dari pemahaman tersebut bahwa PM. Khalifah diharapkan akan lahir seorang hamba yang hanya menghambakan dirinya kepada Allah SWT.
Selain dari pada itu alumnus PM. Khalifah akan menjadi DAI yang membawa kepada persatuan umat yaitu rahmat bagi semesta alam. Mohon doa dari seluruh umat Islam semoga PM. Khalifah tetap eksis untuk kemajuan Islam, Bangsa, dan Negara ini.